ایچیرو میکی کودکی است که در منطقه صنعتی کاوازاکی زندگی می‌کند؛ جایی که تلاش مداوم والدینش برای تامین مخارج زندگی، اغلب این دانش‌آموز را تنها می‌گذارد. او که مدام توسط قلدری به نام گابارا اذیت می‌شود، تنها دوستانش شینپی، طراح اسباب‌بازی، و همکلاسی‌اش ساچیکو هستند. ایچیرو به رویاهای فرار از واقعیت در جزیره هیولاها پناه می‌برد، جایی که با مینیلا، هیولای دیگری که او هم مورد آزار و اذیت قرار می‌گیرد، دوست می‌شود.

ایوری که توسط یک خانواده برای کارهای خدماتی از یتیم‌خانه آورده شده است، فرار می‌کند و توسط دو مرد جوان به فرزندی پذیرفته و بزرگ می‌شود. ده سال بعد، مسیر او با ناخواهری سابقش تلاقی می‌کند؛ کسی که مدتی بعد بر اثر مسمومیت می‌میرد و ایوری مظنون اصلی پرونده می‌شود.